refactor(docs): update links and restructure content for clarity

- Update internal links to remove extra path segments
- Restructure backend architecture documentation for better readability
- Reorganize sidebar sections for consistency
- Fix broken links and improve navigation flow

docs/ja-jp/stage-2/index.md

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 API設計、データベース管理、アプリケーションデプロイメント戦略を学ぶ：
 
 <NavGrid>
-  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.2-database-supabase/chapter5/" class="card-link">
+  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.2-database-supabase/" class="card-link">
     <div class="content-card">
       <div class="card-header">
         <span class="card-icon">🗄️</span>
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-  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.4-git-workflow/extra1/" class="card-link">
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     <div class="content-card">
       <div class="card-header">
         <span class="card-icon">🌿</span>
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   </a>
 
-  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.5-zeabur-deployment/extra6/" class="card-link">
+  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.5-zeabur-deployment/" class="card-link">
     <div class="content-card">
       <div class="card-header">
         <span class="card-icon">🚀</span>
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-  <a href="/ja-jp/stage-2/backend/2.6-modern-cli/extra7/" class="card-link">
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     <div class="content-card">
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         <span class="card-icon">💻</span>
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 ### AI機能拡張
 
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-  <a href="/ja-jp/stage-2/ai-capabilities/2.2-multimodal-api/extra3/" class="card-link">
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         <span class="card-icon">🎭</span>